根据《国家税务总局关于外贸企业丢失增值税专用发票抵扣联出口退税有关问题的通知》（国税函〔2010〕162号）规定：外贸企业丢失已开具增值税专用发票发票联和抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。外贸企业丢失已开具增值税专用发票抵扣联的，在增值税专用发票认证相符后，可凭增值税专用发票的发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。

所以，如果你所丢失的是发票联和抵扣联，你公司可在增值税专用发票认证相符后，凭增值税专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经你公司所在地主管税务机关审核同意后，向主管出口退税的税务机关申报出口退税。如果所丢失的仅是抵扣联，则可以在增值税专用发票认证相符后，直接凭增值税专用发票发票联复印件向主管出口退税的税务机关申报出口退税。